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基因组信息学实践教程
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2025-03-24 22:01:22
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  • 绪论
  • 第一篇　基础实践
    • 项目1　基因组测序模拟
    • 项目2　序列组装
    • 项目3　基因组注释之同源基因搜索
    • 项目4　基因组注释之从头预测与基因结构建模
    • 项目5　基因组注释之DNA元件预测
    • 项目6　基因组数据可视化
  • 第二篇　扩展实践
    • 项目1　高通量测序平台及模拟工具的对比
    • 项目2　基因组序列组装软件的对比
    • 项目3　RNA-Seq数据从头组装软件的对比
    • 项目4　从头计算预测基因软件的比较
    • 项目5　基于转录组数据的新基因和转录变异体的发现
    • 项目6　基因转录调控分析
    • 项目7　基因组测序可视化工具的对比
  • 第三篇　综合实践
    • 项目1　基因组测序模拟的编程实现
    • 项目2　同源基因搜索指导的基因结构预测
    • 项目3　基于RNA-Seq数据的基因组注释
    • 项目4　基于多重数据源的基因结构特征训练和应用
    • 项目5　基因结构特征模型参数的编程实践
    • 项目6　多重证据联合的基因结构建模
    • 项目7　转录因子调控机制分析
    • 其他综合实践设想
  • 第四篇　常用软件使用手册
    • 1.ART
    • 2.Augustus
    • 3.BamTools
    • 4.BCFtools
    • 5.bedtools
    • 6.Bow tie2
    • 7.FastQC
    • 8.GFF格式处理工具
    • 9.NCBI BLAST
    • 10.NCBI SRA Toolkit
    • 11.QUAST
    • 12.Samtools
    • 13.SOAPdenovo
    • 14.Trimmomatic
    • 15.Trinity
    • 16.文件格式转换工具
  • 附录
    • 附录1　基因组坐标体系
    • 附录2　常用数据格式
  • 参考文献
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