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基础生物信息学分析实践教程
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15.4　使用Transdecoder预测蛋白编码区

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2025-03-24 11:22:16
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  • 封面
  • 版权信息
  • 《基础生物信息学分析实践教程》编委会
  • 前言
  • 1　美国国家生物技术信息中心（NCBI）网站相关应用
    • 1.1　美国国立生物技术信息中心（NCBI）简介
    • 1.2　NCBI数据库和软件
    • 1.3　应用NCBI查找基因信息
    • 1.4　NCBI比对序列
    • 1.5　NCBI上传原始数据
    • 参考文献
  • 2　BLAST同源序列比对
    • 2.1　BLAST比对
    • 2.2　运用在线BLAST进行目标序列的同源性搜索
    • 2.3　运用在线BLAST进行多序列比对
    • 2.4　运用Clustal X进行多序列比对
    • 参考文献
  • 3　多序列比对及其功能域预测
    • 3.1　多序列比对及其功能域简介
    • 3.2　软件及序列材料
    • 3.3　分析方法与步骤
    • 参考文献
  • 4　系统发育树构建
    • 4.1　系统发育树简介
    • 4.2　系统发育树构建软件
    • 4.3　软件下载、安装及序列文件准备
    • 4.4　利用MEGA开展多序列比对与系统进化分析
    • 4.5　常用多序列比对和系统进化分析服务器及软件
    • 参考文献
  • 5　PCR引物设计及评价
    • 5.1　PCR引物设计简介
    • 5.2　分析方法与步骤
    • 参考文献
  • 6　荧光定量PCR分析基因表达量
    • 6.1　实时荧光定量PCR原理
    • 6.2　实时荧光定量PCR仪的工作部件
    • 6.3　影响荧光定量PCR仪实验的影响因素
    • 6.4　实时荧光定量PCR技术的定量方法
    • 6.5　实时荧光定量PCR技术的具体操作
    • 6.6　实时荧光定量PCR技术的应用
    • 参考文献
  • 7　基因预测分析
    • 7.1　基因预测简介
    • 7.2　基因数目预测的主流软件
    • 7.3　基因预测的基本方法和步骤
    • 7.4　基因预测的基本分析内容
    • 7.5　基因预测示例
    • 7.6　总结
    • 参考文献
  • 8　RNA二级结构分析
    • 8.1　RNA结构简介
    • 8.2　使用RNAstructure对RNA二级结构进行分析预测
    • 8.3　使用Vienna RNA Package进行RNA二级结构预测
    • 参考文献
  • 9　蛋白质分析及结构预测
    • 9.1　蛋白质结构预测简介
    • 9.2　软件和数据库
    • 9.3　蛋白质的一级结构预测
    • 9.4　蛋白质的二级结构预测
    • 9.5　蛋白质的三级结构预测
    • 9.6　常用蛋白质分析服务器
    • 参考文献
  • 10　GO分析基因功能
    • 10.1　GO简介
    • 10.2　软件和数据库
    • 10.3　AmiGO 2在线浏览和搜索
    • 10.4　DAVID注释分析
    • 10.5　AgriGO在线分析
    • 10.6　常用功能富集分析服务器或语言包
    • 参考文献
  • 11　KEGG等代谢通路专业数据库
    • 11.1　代谢通路数据库简介
    • 11.2　软件和数据库
    • 11.3　KEGG数据库简介
    • 11.4　KEGG PATHWAY子数据库
    • 11.5　整合表达谱数据KEGG通路可视化
    • 11.6　KEGG通路注释及富集分析
    • 参考文献
  • 12　作物专属基因组数据库及其应用
    • 12.1　作物专属基因组数据库简介
    • 12.2　Ensembl Plants数据库介绍
    • 12.3　Ensembl Plants数据库基因组下载
    • 12.4　Ensembl Plants数据库数据查询
    • 12.5　其他常用的作物基因组数据库
    • 参考文献
  • 13　Linux系统入门及编程基础
    • 13.1　Linux操作系统概述
    • 13.2　Linux实战安装操作
    • 13.3　文件和目录基本操作命令
    • 13.4　文件和目录权限管理
    • 13.5　Linux的基本网络配置
    • 13.6　Web服务器的配置和管理
    • 参考文献
  • 14　基因组从头拼接
    • 14.1　测序数据简介
    • 14.2　测序数据预处理
    • 14.3　用FastQC软件对测序数据进行质量评估
    • 14.4　利用FASTX_Toolkit对测序Reads进行处理
    • 14.5　基于SOAPdenovo软件的基因组拼接
    • 参考文献
  • 15　转录组数据从头拼接
    • 15.1　Trinity软件的下载和安装
    • 15.2　Trinity使用的常用例子及相应的参数
    • 15.3　利用RSEM软件进行表达量计算
    • 15.4　使用Transdecoder预测蛋白编码区
    • 15.5　IGV查看
    • 参考文献
  • 16　全基因组关联分析
    • 16.1　关联分析概念与优势
    • 16.2　关联分析研究策略及应用
    • 16.3　群体结构对关联分析影响及对策
    • 16.4　关联分析模型发展与模型选择
    • 16.5　GWAS数据分析流程
    • 16.6　GWAS操作演示
    • 16.7　结论与展望
    • 参考文献
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