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现代生物学数据分析原理与应用
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第二章 二代测序数据深度挖掘与展示

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2025-03-24 11:21:52
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  • 封面
  • 版权信息
  • 前言
  • 第一章 R语言在生物信息学中的应用
    • 第一节 基因组数据的图形展示与说明
    • 第二节 高分辨率论文图片制作
    • 第三节 ggplot或ggplot2
    • 第四节 GWAS理论
    • 第五节 统计遗传学基因组数据格式举例
    • 第六节 Missing heritability
  • 第二章 二代测序数据深度挖掘与展示
    • 一、高通量测序绘图的特点
    • 二、基础图形类型
    • 三、散点图是典型的二维图
    • 四、折线图
    • 五、盒形图
    • 六、PCA的几何解释
    • 七、热图分析——展示+聚类
    • 八、地图
    • 九、生存分析图
    • 十、点图
    • 十一、散点图之火山图
    • 十二、气泡图
    • 十三、pathway富集展示图
    • 十四、WGCNA分析
    • 练习
  • 第三章 转录组深度分析
    • 第一节 应用举例
    • 第二节 如何进行差异分析及挑选P值
  • 第四章 动物育种中的线性模型
    • 一、主要内容
    • 二、矩阵代数（matrix algebra）基础知识
  • 第五章 动物育种中的线性模型二
    • 线性模型基础
  • 第六章 遗传参数估计
    • 一、传统的估计方法
    • 二、基于线性混合模型估计遗传参数
    • 练习
  • 第七章 最佳线性无偏预测（BLUP）
    • 一、预测和估计
    • 二、线性混合模型（Linear mixed model）
    • 三、动物模型BLUP（Animal model BLUP）
    • 练习
  • 第八章 其他模型下的BLUP
    • 一、重复力模型
    • 二、母体效应
    • 三、公畜模型（sire model）
    • 四、公畜-母畜模型（sire-dam model）
    • 五、外祖父模型（maternal grandsire model）
    • 六、随机回归模型（random regression model，RRM）
    • 七、多性状动物模型BLUP
  • 第九章 BLUP用于基因组育种值估计
    • 一、基因组选择的基本过程
    • 二、RR-BLUP（ridge regression BLUP）
    • 三、GBLUP（genomic BLUP）
    • 四、A矩阵 vs G矩阵
    • 五、ss-GBLUP（Single-step GBLUP）
    • 六、Bayesian alphabets
    • 七、GEBV的准确性
    • 练习
  • 第十章 贝叶斯统计在动物育种中的应用
    • 一、马尔科夫蒙特卡罗（MCMC）
    • 二、贝叶斯推断在线性模型中的应用
    • 三、R语言代码
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